กล้องจุลทรรศน์มีหลายประเภท แต่ละประเภทมีการใช้งานและข้อดีเฉพาะของตัวเอง ต่อไปนี้คือประเภทของกล้องจุลทรรศน์ที่พบมากที่สุด:

กล้องจุลทรรศน์แบบผสม: กล้องจุลทรรศน์แบบผสมเป็นกล้องจุลทรรศน์ที่ใช้กันมากที่สุดในห้องปฏิบัติการและห้องเรียน พวกเขาใช้เลนส์สองตัวหรือมากกว่าเพื่อขยายชิ้นงานขนาดเล็กและบาง และให้มุมมองโดยละเอียดเกี่ยวกับโครงสร้างภายในของชิ้นงานทดสอบ ใช้ในการสังเกตตัวอย่างทางชีวภาพ เช่น เซลล์และเนื้อเยื่อ

กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอ: กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอหรือที่เรียกว่ากล้องจุลทรรศน์แบบผ่า ใช้ช่องมองภาพสองอันเพื่อให้มุมมองสามมิติของชิ้นงาน ใช้สำหรับตัวอย่างที่มีขนาดใหญ่และทึบแสง เช่น แมลง พืช และหิน

กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน: กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนใช้ลำแสงอิเล็กตรอนแทนแสงเพื่อสร้างภาพที่มีกำลังขยายและความละเอียดสูงมาก ใช้เพื่อสังเกตวัตถุขนาดเล็กมาก เช่น ไวรัสและโมเลกุล

กล้องจุลทรรศน์ดิจิตอล: กล้องจุลทรรศน์ดิจิตอลใช้กล้องดิจิตอลเพื่อจับภาพของชิ้นงานซึ่งสามารถดูได้บนหน้าจอคอมพิวเตอร์ มักใช้ในการศึกษาและการวิจัย และยังมีประโยชน์สำหรับการจับภาพเพื่อเผยแพร่หรือนำเสนอ

กล้องจุลทรรศน์คอนโฟคอล: กล้องจุลทรรศน์คอนโฟคอลใช้เลเซอร์เพื่อสร้างภาพความละเอียดสูงของชิ้นงานที่ติดฉลากเรืองแสง มักใช้ในการวิจัยทางชีววิทยาและทางการแพทย์เพื่อศึกษากระบวนการและโครงสร้างของเซลล์

กล้องจุลทรรศน์โพลาไรซ์: กล้องจุลทรรศน์โพลาไรซ์ใช้แสงโพลาไรซ์เพื่อสังเกตคุณสมบัติทางแสงของวัสดุ เช่น แร่ธาตุและคริสตัล มักใช้ในธรณีวิทยา วัสดุศาสตร์ และการวิเคราะห์ทางเคมี

เมื่อเลือกกล้องจุลทรรศน์ สิ่งสำคัญคือต้องพิจารณาวัตถุประสงค์การใช้งานและคุณสมบัติที่จำเป็นสำหรับการใช้งานนั้น กล้องจุลทรรศน์ประเภทต่างๆ มีช่วงการขยาย ความละเอียด และความสามารถที่แตกต่างกัน